Al haber salido al mercado antes que la serie de TV (Digimon Adventure), esta basado estrictamente en los V-Pets. El juego consiste en criar a un Digimon desde su etapa bebe, hasta hacerlo evolucionar a su forma más poderosa. El Digimon eventualmente morirá con la edad, revirtiéndose a un Digitama y renaciendo de nuevo. Para criar un Digimon, el jugador deberá entrenarlo, recompensarlo o regañarlo según la ocasión, darle de comer, llevarlo al baño, dejarlo descansar, etc.

Otra característica del juego es la batalla. El jugador deberá enfrentar a su Digimon contra los Digimon salvajes y vencerlos para que regresen a la ciudad. Aunque en el juego se comienza con técnicas de batalla básicas, a medida que se vaya progresando, el Digimon podrá aprender técnicas más poderosas de otros enemigos.

La historia se enfoca en un humano invocado a la Isla File por Jijimon para que salve la Isla. Los Digimon han perdido sus memorias, y se han vuelto salvajes, abandonando la Ciudad File, la metrópolis de la Isla. El objetivo del jugador, encarnado en un joven niño cuyo nombre es "Hero/Hiro" (el nombre típico de los personajes en los juegos RPG japoneses), es salvar la Isla, ayudando a los Digimon a recuperar sus memorias y regresarlos a la ciudad. Al final del juego, deberá enfrentarse al malvado Analogman, un humano que quiere esclavizar a todos los Digimon.